mardi 18 octobre 2022

FIL ROUGE | Grippe aviaire : où en sommes nous ?

Bretagne

Mis à jour : 10 octobre 2022

FIL ROUGE | Grippe aviaire : où en sommes nous ? 

Durant la saison de reproduction 2022, une souche d’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) a touché les colonies d’oiseaux marins en Europe et en Amérique du Nord : en Écosse notamment de nombreuses colonies ont été touchées (fou de Bassan, labbes, goélands, sternes, etc.). Les oiseaux sauvages, comme les oiseaux d’eau et les oiseaux marins, sont des réservoirs naturels des souches d’influenza aviaire faiblement pathogènes (H13, H16 par exemple).

Historique et situation actuelle

À l’origine l’influenza aviaire hautement pathogène H5N1 est apparue dans un élevage d’oies en Chine en 1996. Puis en 2002, les premiers cas de mortalité ont été enregistrés chez les oiseaux sauvages en Chine, montrant que le virus avait acquis la capacité de passer des oiseaux domestiques aux oiseaux sauvages, et depuis lors le virus évolue continuellement et la détection du virus chez les oiseaux sauvages est devenue de plus en plus fréquente à une échelle géographique de plus en plus large (Asie, puis Europe, puis Afrique, puis Amérique du Nord…).

Début de l'année 2021, l'influenza aviaire hautement pathogène se propage chez les oiseaux, tant dans les élevages que dans la faune sauvage. Fin 2021, une mortalité massive de grues cendrées a été constatée dans la réserve naturelle du lac Hula en Israël, lors de leur halte migratoire, avec plus de 5 000 cadavres dénombrés. Toujours fin 2021, une mortalité massive de bernaches nonettes a été constatée dans la région de Solway Firth en Écosse, avec une estimation de 8 à 10 000 oiseaux morts.
En février 2022, une mortalité massive de pélicans frisés a été constatée dans le parc national de Prespa en Grèce, avec plus d’un millier de cadavres collectés, et seulement 32 nids dénombrés contre 1 370 nids à la même période en 2021.

Au printemps 2022, les foyers se multiplient dans les colonies d’oiseaux marins en Europe, notamment en Écosse.

Cette épizootie est mondiale, et touche notamment l’Europe et l’Amérique du Nord, avec un nombre de foyers du virus variable selon les pays et les régions. Cette vague d'IAHP H5N1 (2021-2022) est sans précédent de par sa propagation rapide et de la fréquence élevée des foyers à la fois chez les oiseaux domestiques et sauvages.
D’octobre 2021 à septembre 2022, 112 espèces d’oiseaux sauvages ont été testées positives au virus dans les 37 pays européens qui ont signalé des cas. 

Comment s’est faite la contamination initiale des oiseaux marins ?

Nous n’avons pas la réponse à l’heure actuelle… Une hypothèse est que le virus soit arrivé sur les colonies d’oiseaux marins par l’intermédiaire des oiseaux d’eau hivernants. Ensuite la contamination se fait par contact entre les oiseaux et aussi par les fientes. Le virus peut garder ses propriétés infectieuses dans l’eau pendant une durée variable (en jours ou dizaines de jours), durée inversement proportionnelle à la température de l’eau et à la salinité.

Si les oiseaux d’eaux (canards, oies, cygnes…) jouent un rôle dans la dissémination du virus, les goélands jouent également un rôle non négligeable. Ces différentes espèces sont connues pour faires des déplacements sur de longues distances, notamment durant les mouvements migratoires.

Le virus H5N1 qui circule en Europe appartient au clade 2.3.4.4b avec 7 génotypes distincts, dont 3 qui ont été identifiés pour la première fois sur la période de juin à septembre 2022. Le virus a également été détecté chez des mammifères sauvages en Europe et en Amérique du Nord et présente des marqueurs génétiques d'adaptation à la réplication chez les mammifères.

Le réseau Sagir de l’OFB (Office français de la biodiversité), réseau de surveillance des maladies infectieuses des oiseaux et des mammifères sauvages terrestres en France, via le laboratoire de référence qui identifie les souches qui circulent, a mis en évidence des particularités : si toutes les souches qui circulent sont des H5N1, une souche s’est particulièrement adaptée aux laridés, une autre est exclusivement trouvée chez les fous de Bassan
Certaines espèces d’oiseaux marins ont été plus fortement touchées que d’autres : c’est notamment le cas des fous de Bassan. La colonie des Sept-Iles dans les Côtes d’Armor a été touchée à partir de début juillet ; c’est LA colonie française, avec 19 000 couples en 2021 (en 2012 c’était environ 3 % des effectifs européens), et des milliers d’oiseaux sont morts cet été.

 

Une épizootie mondiale : un bilan catastrophique pour la faune sauvage ! 

C’est aussi le cas pour la colonie de fous de Bassan de Bass Rock, en Écosse (la plus importante colonie de l’espèce) qui comptait de l’ordre 150 000 adultes reproducteurs, et qui a été gravement décimée. Les goélands ont eux aussi été fortement touchés, notamment le goéland argenté

Mais des colonies d’autres espèces ont aussi été sérieusement impactées comme la colonie de sternes caugek du platier d’Oye dans le Pas-de-Calais : 7 000 adultes présents au printemps, puis forte mortalité, et seulement 500 adultes et 200 jeunes en fin de saison de reproduction.

Sur l’île de Texel au Pays-Bas 3 500 cadavres de sternes caugek ont été dénombrés sur la colonie en juin, soit environ 40 % des adultes nicheurs sur l’île, bilan minimum car des oiseaux sont très probablement morts en mer ou ailleurs que dans les principales zones de reproduction.

Sur l’île de Foula, en Écosse, qui comptait 1 800 couples de grands labbes en 2015, moins de 800 couples ont été dénombrés en juin 2022. La mortalité des oiseaux a continué durant la saison de reproduction, et la perte globale est estimée à 60-70 % des nicheurs par rapport à 2015.

La mortalité intervenant durant la période de reproduction, les adultes meurent sur la colonie ou en mer, et leurs poussins meurent de faim ensuite…

Le bilan actuel fait état de plusieurs centaines d’oiseaux marins morts dénombrés en Bretagne, mais ce bilan est sous-estimé et la mortalité se compte en milliers d’oiseaux à l’échelle de la Bretagne, et en dizaines de milliers à l’échelle européenne. L'ampleur de l'épizootie est dramatique pour les oiseaux, notamment marins dont le fou de Bassan et le goéland argenté, les deux espèces les plus touchées par la maladie en Europe.

Selon l’ONG Birdlife, près de 400 000 oiseaux sauvages en seraient morts dans le monde, un chiffre certainement sous-estimé.

Et maintenant ? Migration et hivernage...

Nous arrivons maintenant en période de migration et d’hivernage, avec l’arrivée d’oiseaux en provenance d’autres pays plus nordiques, et des cas de mortalité d’autres espèces touchées par la grippe aviaire ont été identifiés: anatidés et ardéidés par exemple et des rapaces sont également touchés, tout comme des faisans.

Et en hivernage les oiseaux d’eau (canards, oies, limicoles) se regroupent et forment des grandes concentrations qui sont donc potentiellement plus à risque en termes de transmission, comme sur les colonies d’oiseaux marins.
Et l’automne est aussi la période du retour des alcidés (guillemots, pingouins) dans les falaises du cap Fréhel, où ils se retrouvent en forte densité sur les corniches, et sont donc là aussi plus à risque en termes de transmission.

C’est la première fois qu’une telle mortalité massive est enregistrée à une échelle géographique aussi vaste. Une évaluation précise de la mortalité des oiseaux marins est pour le moment difficile.

Il faudra attendre la saison de reproduction pour mieux évaluer les impacts : les colonies sont recensées annuellement pour plusieurs espèces d’oiseaux marins, l’état des populations est connu, et les comptages au printemps 2023 permettront de mieux connaître le niveau de la mortalité et déterminer l'impact de l’épizootie.

Tous les oiseaux survivants ne se reproduiront sans doute pas en 2023 car chez les oiseaux marins la formation des couples peut prendre quelques années et les oiseaux dont le partenaire est mort de la grippe aviaire devront trouver un nouveau partenaire et dans certains cas aussi un nouveau territoire pour y construire leur nid. Et certaines espèces d’oiseaux marins ont un statut de conservation défavorable, lié à divers impacts humains comme la surpêche et les changements climatiques qui affectent la disponibilité de leurs proies, ou encore les captures accidentelles dans les engins de pêche, le dérangement des colonies, les pollutions diverses, la prédation par des mammifères introduits, etc.
C'est donc sans précédent, et inquiétant, avec des craintes pour l’avenir des colonies bretonnes de certaines espèces d’oiseaux marins ! Il ne faut pas oublier que la cause d’origine est liée aux élevages intensifs, et que ce ne sont pas les oiseaux marins qui constituent une menace

  

Quelques liens utiles :

  • https://www.anses.fr/fr/content/linfluenza-aviaire-en-6-questions
  • https://www.lpo.fr/la-lpo-en-actions/agir-pour-la-faune-en-detresse/faq-grippe-aviaire
  • Bulletins hebdomadaires de veille sanitaire internationale: https://www.plateforme-esa.fr/fr/node/1278
  • IAHP en France : une situation alarmante : https://www.plateforme-esa.fr/fr/node/1276
  • https://agriculture.gouv.fr/influenza-aviaire-la-situation-en-france
  • https://www.ofb.gouv.fr/le-reseau-sagir
  • https://www.sciencesetavenir.fr/animaux/oiseaux/les-oiseaux-marins-sont-victimes-d-une-epidemie-d-influenza-inedite_164308
  • Avian influenza overview June – September 2022 : https://www.efsa.europa.eu/sites/default/files/2022-09/ON-7597.pdf
  • Avian influenza: unprecedented number of summer cases in Europe : https://www.efsa.europa.eu/en/news/avian-influenza-unprecedented-number-summer-cases-europe
  • https://www.birdlife.org/news/2022/08/08/an-unprecedented-wave-of-avian-flu-has-been-devastating-bird-populations-across-the-northern-hemisphere/
  • Surveillance and monitoring responses to Highly Pathogenic Avian Influenza, a workshop at Cork Seabird Conference, August 2022 : https://www.youtube.com/playlist?list=PLBKpJyrM7VkhKGj9VDvNBCRdpstFdYIwl
  • https://www.nioz.nl/en/news/bird-flu-goes-offshore-sudden-spread-of-highly-pathogenic-virus-among-seabirds-and-even-marine-mammals

Quelques références bibliographiques sélectionnées :

  • Bodeweses & Kuiken 2018. Changing Role of Wild Birds in the Epidemiology of Avian Influenza A Viruses https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0065352717300295
  • Brown et al. 2007. Persistence of H5 and H7 Avian Influenza Viruses in Water https://meridian.allenpress.com/avian-diseases/article-abstract/51/s1/285/133763/Persistence-of-H5-and-H7-Avian-Influenza-Viruses
  • Caliendo et al. 2022. Transatlantic spread of highly pathogenic avian influenza H5N1 by wild birds from Europe to North America in 2021 https://www.nature.com/articles/s41598-022-13447-z.epdf?sharing_token=uB9Siq3C-sBaeC_7_U4qlNRgN0jAjWel9jnR3ZoTv0OBdCWj3pruAzuAoyjXJSyDoBCj8DaBrAJN2BYlgiOsWEOWuEXf2S_lUW2fU0q_wsdjQRfQsgkmYWtNZHZiIxaxqd1f3IQKSXSMs5egiccNZBiAjRtHxOjxMhWYAk5yan4%3D
  • Camphuysen & Gear. 2022. Great Skuas and Northern Gannets on Foula, summer 2022 - an unprecedented, H5N1 related massacre. NIOZ Report 2022-02, NIOZ Royal Netherlands Institute for Sea Research: Texel. 66 pp. https://dataverse.nioz.nl/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.25850/nioz/7b.b.gd
  • Domanska‐Blicharz et al. 2010. H5N1 high pathogenicity avian influenza virus survival in different types of water https://meridian.allenpress.com/avian-diseases/article-abstract/54/s1/734/135959/H5N1-High-Pathogenicity-Avian-Influenza-Virus
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  • Lee et al. 2017. Evolution, global spread, and pathogenicity of highly pathogenic avian influenza H5Nx clade 2.3.4.4 https://synapse.koreamed.org/articles/1041527
  • Prosser et al. 2022. Maintenance and dissemination of avian-origin influenza A virus within the northern Atlantic Flyway of North America https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1010605
  • Ramey et al. 2022. Highly pathogenic avian influenza is an emerging disease threat to wild birds in North America https://wildlife.onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/jwmg.22171
  • Verhagen et al. 2021. Highly Pathogenic Avian Influenza Viruses at the Wild–Domestic Bird Interface in Europe: Future Directions for Research and Surveillance https://www.mdpi.com/1999-4915/13/2/212
  • World Health Organization. 2014. Revised and updated nomenclature for highly pathogenic avian influenza A (H5N1) viruses
  • https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/irv.12230 [Bernard Cadiou, Bretagne Vivante, version 10/10/2022]